S ciljem bolje koordinacije i suradnje s NATO-om, te što boljeg razumijevanja procesa približavanja RH punopravnom članstvu u Savezu koje podrazumijeva napore cjelokupne državne uprave, osnovana je odlukom Vlade RH 19. rujna 2002. Međuresorna radna skupina za suradnju RH s NATO-om i provedbu "Akcijskog plana za članstvo".
Međuresornom radnom skupinom predsjedava Nacionalni koordinator za NATO. U radu navedene radne skupine pored predstavnika MORH-a (pomoćnik ministra za obrambenu politiku je ujedno potpredsjednik MRS) i Ministarstva vanjskih poslova, sudjeluju i predstavnici: Hrvatskog Sabora, Ureda predsjednika RH, Vlade RH, Ureda Vijeća za nacionalnu sigurnost, Ministarstva unutarnjih poslova, Ministarstva financija, Ministarstva gospodarstva, rada i poduzetništva, Ministarstva pravosuđa, Ministarstva mora, turizma, prometa i razvitka, Ministarstva znanosti, obrazovanja i športa, Ministarstva zdravstva i socijalne skrbi, Ministarstva zaštite okoliša, prostornog uređenja i graditeljstva, Ministarstva obitelji, branitelja i međugeneracijske solidarnosti, Središnjeg državnog ureda za državnu imovinu i Vladinog ureda za zakonodavstvo.
Tijekom 2004. unutar MRS-a osnovane su Radne podskupine za specifična pitanja poput Radne podskupine za pravna pitanja, koja radi na prilagodbi hrvatskog zakonodavstva zahtjevima sustava kolektivne obrane, Radna podskupina za civilno i civilno-vojno krizno planiranje, koja predlaže reforme na području civilnog i civilno vojnog kriznog planiranja, civilne potpore kolektivnoj obrani, te sudjelovanja pripadnika civilnih institucija u međunarodnim mirovnim operacijama, te implementaciju Partnerskih ciljeva koji zahtijevaju međuresornu koordinaciju (kao što je "Host Nation Support").
Nositelji pojedinih zadataka ANP-a, odgovarajući organi državne uprave, redovito (tromjesečno) izvještavaju Nacionalnog koordinatora o provedbi zadataka iz svoje domene, na osnovu čega Nacionalni koordinator priprema Izvješće o napretku (Progress Report) za Vladu.
Tijela Međuresorne radne skupine i Nacionalnog koordinatora intenzivno rade na svojim zadacima, s ciljem jačanja integracije i specijalizacije državne uprave na poslovima povezanim s NATO-om.