Od kraja 2001. godine ISAF je bio operacija u potpori mira (Operation in Support of Peace). Tada je bio tzv. koalicija voljnih, u kojoj su najveću ulogu imale države koje su se smjenjivale u vođenju: Velika Britanija, Turska, Nizozemska i Njemačka. Na kraju prve godine mandata u misiji je sudjelovalo 19 država pod mandatom UN-a, no UN ih nije organizirao ni financijski pomagao. ISAF nikad nije bio UN-ova promatračka misija.

Misija ISAF postala je NATO vođena vojna operacija potpore miru (Peace Support Operation) 2003. godine, kad je UN promijenio mandat misije u skladu s Poglavljem VII Povelje UN-a, dopustivši uporabu sile u potpori mira, u skladu s pravilima uporabe sile (Rules of Engagement). S obzirom na takvo vodstvo i koncept planiranja u NATO-u, financiranje operacije se dijelom provodi iz zajedničkih sredstava NATO-a, a dijelom sudjeluju pojedine države sudionice u operaciji, bez obzira jesu li one članice NATO-a ili nisu.

Vijeće sigurnosti UN-a procijenilo je da je situacija u Afganistanu prijetnja međunarodnom miru i sigurnosti, pa je UN preporučio svojim državama članicama da pomognu operaciji ISAF osobljem, opremom i ostalim resursima, kao i financijskim sredstvima, posebno fondom stvorenim za tu namjenu. I sudjelovanje država donacijama Afganistanu, važno je za ISAF.

Od svojega početka 2001. godine do danas, ISAF djeluje u skladu s rezolucijama Vijeća sigurnosti UN-a (o Afganistanu: br. 1386(2001), br. 1413(2002), br. 1444(2002), br. 1510(2003), br. 1563(2004), br. 1623(2005), br. 1659(2006), br. 1707(2006); te o potpori međunarodnim naporima u iskorjenjivanju terorizma: br. 1368(2001), br. 1373(2001)). Za definiranje ovlasti misije ISAF ključne su dvije rezolucije Vijeća sigurnosti UN-a: br. 1386(2001) i br. 1510(2003).

Osim prve rezolucije UN-a o Afganistanu, koju je Vijeće sigurnosti UN-a donijelo jednoglasno, djelovanje misije ISAF definirano je Bonnskim sporazumom iz prosinca 2001., vojno-tehničkim sporazumom koji je međunarodna zajednica potpisala s privremenom afganistanskom vladom, te Kabulskim sporazumom iz 2005. godine, potpisanim s novoizabranom afganistanskom vladom. Oba se sporazuma odnose na načine potpore međunarodne zajednice uspostavi mira i sigurnosti u Afganistanu, kao pomoći u izgradnji institucija države. Funkcioniranje Islamske Republike Afganistana kao moderne, suverene, demokratske države koja samostalno upravlja i djeluje na cijelom svom teritoriju, označit će kraj operacije ISAF.

PROVEDBA OPERACIJE
ISAF u svojim aktivnostima surađuje s vladom Islamske Republike Afganistan, pridonoseći sigurnosti u državi, s posebnim naglaskom na izgradnji kapaciteta i jačanju sposobnosti Afganistanskih snaga nacionalne sigurnosti (ANSF), Afganistanske nacionalne vojske (ANA) i Afganistanske nacionalne policije (ANP) te provedbi reformi pravosuđa.

Ostvarenjem funkcioniranja dijela države u javnom redu i sigurnosti, stvaraju se preduvjeti za obnovu države i uspostavljanje javnih službi. Na razvojnom putu Afganistana napravljen je važni iskorak kad je ISAF omogućio provedbu predsjedničkih izbora u listopadu 2004. i parlamentarnih izbora za oba doma u rujnu 2005.

Osim što blisko surađuje s afganistanskom vladom u postizanju potpunog suvereniteta, teritorijalnog integriteta i neovisnosti, ISAF pomaže i djelovanju UN-ove misije UNAMA, kao i radu ostalih agencija UN-a u Afganistanu. UNAMA je politička misija UN-a utemeljena 2002. godine za pružanje potpore izgradnji institucija Afganistana i nacionalnom pomirenju tijekom mirovnog procesa.

Osim s UN-om, ISAF po potrebi surađuje i s drugim međunarodnim organizacijama i međunarodnim nevladinim organizacijama koje djeluju u Afganistanu, a usredotočene su na pružanje humanitarne pomoći i koordinaciju napora usmjerenih na razvoj i poštivanje ljudskih prava.

Operacija ISAF je zamišljena u pet faza. Prva faza je bila procjena stanja i priprema, a uključivala je sve operacije u Kabulu. Druga faza je geografsko širenje na područje cijeloga Afganistana, treća je stabilizacija, a četvrta tranzicija. Posljednja faza predviđa povlačenje iz Afganistana.

Prvobitno je ISAF djelovao u području glavnog grada Kabula i njegove bliske okolice, pomažući ustrojavanju prijelazne vlasti i uspostavljanju sigurnog okružja u tom, relativno malom području svoje odgovornosti. Kad je NATO preuzeo vođenje operacije u kolovozu 2003., znatno je povećan broj država koje se uključuju u red misije. Rezultat je veća i jača struktura ISAF-a u području operacija. Veliki napori se tada ulažu u planiranje i provedbu operacije. U isto vrijeme UN je mandat misije proširio na cijeli teritorij Afganistana. Otada do danas se područje odgovornosti ISAF-a širilo na sjever (etapa I, dovršena u listopadu 2004.), zapad (etapa II, dovršena u rujnu 2005.), jug (etapa III, dovršena u srpnju 2006.) i istok (etapa IV, dovršena u listopadu 2006.). Dovršenjem zadnje etape širenja, završila je druga faza misije.

Usporedno s početnom fazom stabilizacije pokrenut je NATO-ov program suradnje s Afganistanom koji je usredotočen na obrambenu reformu, izgradnju obrambenih institucija i na vojne aspekte reforme sigurnosnog sektora, koje promiču interoperabilnost ANA-e i članica NATO-a. Taj je program komplementaran operativnoj ulozi ISAF-a u Afganistanu.

Struktura misije obuhvaća Zapovjedništvo ISAF-a u Kabulu, Kabulsku multinacionalnu brigadu, te pet regionalnih zapovjedništava (Prijestolnica, Istok, Sjever, Zapad, Jug). Središta regionalnih zapovjedništava su u gradovima Kabul, Bagram, Mazar-e-Sharif, Herat i Kandahar. U područjima regionalnih zapovjedništva osnovani su provincijski rekonstrukcijski timovi (PRT), čija je zadaća pomaganje u uspostavljanju normalnog djelovanja središnje afganistanske vlasti i funkcioniranja civilnog života.

Za operativnu provedbu operacije ISAF zaduženo je Vrhovno zapovjedništvo savezničkih snaga u Europi (SHAPE) u Monsu (Belgija), zajedno sa Zapovjedništvom združenih snaga (JFC) u Brunssumu (Nizozemska).

DRŽAVE SUDIONICE
Prije nego je NATO preuzeo vodstvo u operaciji ISAF, u njoj je sudjelovalo 28 država s oko 5400 vojnika. Nakon toga broj država sudionica se povećao, ali operacija je postala složenijom i zahtjevnijom. Kriteriji i modaliteti sudjelovanja u misiji ISAF određeni su pravilima uporabe sile (Rules of Engagement) u potpori mira i standardima vojnog djelovanja u NATO-u.

Najveći broj zemalja sudionica ISAF-a su članice NATO-a, trenutačno njih 26. Države koje nisu članice NATO-a, a uključene su u operaciju je 11. Većinom su članice NATO-ovog programa Partnerstvo za mir, a Australija, Austrija, Albanija, Novi Zeland i Švicarska također sudjeluju u operaciji ISAF u Afganistanu. Gotovo 35 500 vojnika, pod neposrednim je zapovijedanjem NATO zapovjedništva.

Osim postrojbi pod NATO zapovjedništvom, u misiji ISAF je i oko 5500 pripadnika elemenata nacionalne potpore kojima neposredno zapovijedaju nacionalna zapovjedništva.

Uvjet za vojno sudjelovanje država koje nisu članice NATO-a jest dobivanje uvjerenja o odgovarajućoj interoperabilnosti s NATO-om i posjedovanje traženih sposobnosti postrojbi koje će sudjelovati u operaciji.